有研究表明，儿童 慢性扁桃体炎以下简称CT，多由急性扁桃体炎反复发作或隐窝引流不畅、窝内细菌或病毒滋生繁殖而演变为慢性炎症，但目前研究发现，可能与感染（细菌、病毒、真菌）、变态反应、感染-变态反应、环境、饮食及遗传等因素有关。近年研究较多的为感染因素、变态反应及感染-变态反应因素。

1.感染相关因素

感染因素在扁桃体炎发病过程中的作用已成为共识，以往的研究认为，致病菌以A组乙型溶血性链球菌最常见；其次为金黄色葡萄球菌、肺炎双球菌和流感杆菌。早在1981年从25例CT患儿手术切除的扁桃体标本中培养出224种细菌，其中110种为厌氧菌，认为厌氧菌可能是造成儿童扁桃体感染的重要因素。孔维佳等提出扁桃体炎是需氧菌与厌氧菌混合感染的结果，他们在儿童复发性CT患者的扁桃体组织中，既培养出了厌氧菌（类杆菌占首位），又培养出了需氧菌（以金黄色葡萄球菌为主），还有酵母样真菌；这可能与需氧菌消耗组织内氧，为厌氧菌创造了生长所需的环境有关。

2.变态反应因素

随着现代免疫学的发展，有学者认为，变态反应与CT发病存在密切联系。因为正常情况下，扁桃体无IgE+细胞，而研究发现反复发炎的扁桃体组织中有较多的IgE+B淋巴细胞，IgE是变态反应的主要介质，从而推测存在变态反应的发生。杨珍运用免疫组织化学法在CT患者的扁桃体组织中检测到白介素（IL-4）和IL-5的高表达。现已证实IL-4能促进B淋巴细胞合成IgE，IL-5刺激B淋巴细胞增殖分化，促进嗜酸粒细胞的产生，协同IL-4促进IgE的合成。证实了变态反应在扁桃体炎的发生、发展中的重要作用。

3.饮食因素

有研究表明扁桃体炎的发生可能与饮食也有关。日常生活中多食青菜、水果能减少炎症性疾病的发生。猜测其原因可能与清淡饮食中某种自由基的减少，导致淋巴细胞活性增强有关；也有学者认为可能是饮食中某种微量元素的缺乏引起，如锌。

4.其他因素

目前，还有不少学者调查了儿童慢性扁桃体炎与遗传及家长吸烟等因素的关系。相关研究对1005名儿童扁桃体炎家族史的相关性研究发现，遗传因素与影响儿童扁桃体炎的发作因素呈正相关；但是对于家长吸烟与儿童 CT 的关系意见却不甚一致，以往大多认为被动吸烟时，烟草中含有尼古丁等有毒物质会损害儿童呼吸道黏膜，降低黏膜清除力；同时还改变了中性粒细胞及淋巴细胞的活性，减少了细胞因子的分泌，抑制免疫应答，从而加重扁桃体炎的发作。